省水利廳12內設機構:
(1)辦公室(行政審批辦公室)。
負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦政策研究、信息、保密、信訪、政務公開和新聞發布工作。
根據國家有關水行政和漁業管理的方針、政策和法律法規，負責水行政和漁業管理相關行政審批事項的受理和審批；負責組織協調行政審批事項的探索、論證和審核；負責相關行政許可的發放；負責行政審批專用章的使用和管理；負責行政審批事項的應訴工作；負責法律、法規和規章規定應當由水行政、漁業部門承擔的其他行政審批事項。
(2)人事部門。
負責機關及直屬單位的人事、勞動工資和機構編制管理；負責教育培訓和人才隊伍建設。
(3)計劃財務部。
擬定全省水利戰略規劃，組織編制重大綜合水利規劃、專業規劃和專項規劃；負責水工程建設規劃同意制度的組織實施；審查全省水利工程項目建議書、可行性研究報告和初步設計；負責提出年度投資計劃，下達和管理水利投資計劃；負責國際河流保護項目管理；承擔水利資金和省級國有資產的監督管理；組織協調省級水利部門預算和財務管理工作；承擔水利價格協調工作；監督水利費的征收並負責使用和管理；負責辦公室的財務工作；承擔水利統計工作。
(4)水行政和水利部。
擬定全省水利法制建設規劃；組織起草水利(漁業)地方性法規和省政府規章草案，制定相關政策；負責指導水政、漁政和水行政執法工作；指導全省水利行政許可工作並進行監督檢查；依法協調和仲裁市、州、部門之間的水事糾紛；承辦相關的行政復議、行政訴訟和法制教育；負責水資源的管理、分配和保護；組織和指導水資源的調查、評價和監測；組織實施水資源取水許可、水資源有償使用和水資源論證制度；組織指導跨區域水量分配、水功能區劃和水資源調度，並監督實施；組織和指導計劃取水工作；組織編制水資源保護、飲用水水源保護和城市供水水源規劃；組織審批河湖納汙能力，提出限制排汙總量的意見；指導入河排汙口的設置和管理；引導城市防洪、城市汙水處理回用等非傳統水資源開發；組織和指導城市規劃區地下水資源的開發利用和地下水資源的管理與保護；指導全省水文工作。
(5)建管辦。
指導全省水利(漁業)工程建設和管理；監督河道防護、城市防洪、水庫、水電工程(不含應急防洪和地方水電工程)等省重點工程和防洪工程的建設和管理；負責水庫日常運行的監督管理；制定全省水庫、湖泊建設管理的規章、制度和技術標準並監督實施；負責全省水利工程建設的招標管理；指導全省水利工程建設質量監督工作；監督管理全省水利建設市場；負責水利工程勘察設計、施工、監理、工程質量檢測單位和招標代理機構的行業監督管理；指導水利建設項目和運行管理的執法監督。
(6)農村水利和水土保持部門。
組織協調全省農田水利基本建設；指導農村飲水安全、節水灌溉、排水和雨水資源利用的建設和管理；指導農村水利社會化服務體系建設；承擔全省水土流失綜合防治工作；組織編制水土保持規劃並監督實施；組織水土流失監測、預報和公告；審查有關建設項目的水土保持方案並監督實施。
(7)科技司。
擬定全省水利、漁業科技發展規劃；組織重大水利、漁業科研和推廣工作；組織制定技術質量標準和水利工程法規、規範並監督其在全省實施；承辦水利行業的對外經濟技術合作與交流；會同有關部門處理國際河流的涉外事務；組織和指導全省水利信息化工作。
(8)吉林省漁業局(中華人民共和國吉林省漁業局)。
擬定全省漁業發展的政策、規劃和計劃並組織實施；指導漁業標準化生產和健康養殖；負責漁業水域生態環境和水生野生動物的保護；組織水產品質量安全的監督管理；指導水生動植物防疫檢疫和疾病防治工作；負責漁業執法、監管和漁業隊伍建設；組織和指導漁業基礎設施的建設和管理；指導水產品技術推廣和水產品加工流通；承擔重大涉外漁業糾紛的處理工作，協調處理重大漁業糾紛；承擔水產品綜合統計，發布水產品信息；承擔漁船檢驗、漁政漁港監督管理，代表國家處理涉外漁業事務。
(9)審計和監察處。
組織實施水利內部審計監督制度；負責機關和直屬單位的審計工作；負責對全省水利投資的使用和管理進行審計和審計調查；負責監督整改水利建設和經濟活動中的違紀違規問題；組織實施全省水利建設項目稽察制度；負責國家和省投資及全省水利建設項目投資的全過程檢查；調查、處理和處罰水利工程建設過程中的違規違紀行為。
(十)安全監督管理辦公室。
指導全省水利(漁業)行業安全生產工作；組織水利工程建設和水庫、水電站等水利工程的安全監督檢查；負責調查、處理和協調解決重大水利安全事故；履行法律、法規規定的行政許可職責中與安全有關的事項。
(十壹)節水處(省節水辦)。
負責全省節約用水；制定節水政策，制定節水計劃，制定相關標準；組織和指導用水定額的編制和管理；組織制定年度用水計劃並監督實施；組織實施建設項目節水設施“三同時”管理制度；指導推廣節水器具，監督節水設施的安裝和使用；指導和推進節水型社會建設；承擔吉林省節約用水辦公室的具體工作。
(12)老幹部。
負責離退休幹部的管理和服務；指導直屬單位離退休幹部工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。