2.雖然股權有瑕疵，但股東仍然擁有股權，所以股權可以轉讓。但是，轉讓瑕疵股權的股東的出資義務並不隨著股權轉讓而消失。除非轉讓方與受讓方有約定，轉讓方仍有補足出資的義務。
3.《辦法》對股權轉讓所得的規定可以概括為以下三個方面:
(1)股權轉讓收益是指轉讓方因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券及其他形式的經濟利益。
(2)轉讓方取得的與股權轉讓有關的各種款項，包括違約金、賠償金等各種名義的貨幣、資產、權益，應當並入股權轉讓收入。
(三)納稅人根據合同約定滿足約定條件後取得的後續收入，視同股權轉讓收入。
法律依據:《中華人民共和國稅收征收管理法》
第壹條為了加強稅收征收管理，規範稅收征繳行為，維護國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條本法適用於稅務機關依法征收的各種稅收的征收管理。
第三條稅收的開征、停征和減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律規定執行；法律授權國務院的，依照國務院制定的行政法規執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收的開征、停征、減稅、免稅、退稅、補稅以及其他與稅收法律、行政法規不壹致的決定。
第四條依照法律、行政法規負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定有代扣代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定納稅、代扣代繳、代收代繳稅款。