1.系統風險
由於金融控股公司占用金融資源過多，其系統性風險危害更大。在金融控股公司中，無論部門的風險如何分散，即使系統內沒有風險，系統外的風險也會蔓延到系統內。在金融控股公司或全能銀行體系中，這種無法分散的風險可能導致系統性風險。這是因為，首先，金融控股公司或全能銀行控制的金融資源占據了絕大多數金融經濟活動，可能使整體經濟面臨風險；其次，金融控股公司或全能銀行在銀行和行業之間建立了更緊密的聯系，這可能會使沖擊更容易蔓延。
2.內幕交易和利益沖突
金融控股公司子公司之間的關聯交易使得集團內子公司的經營狀況相互影響，增加了金融控股公司的內幕交易和利益沖突風險。由於集團內子公司利益相互影響，子公司之間可能發生內幕交易，損害消費者利益。
3.財務杠桿率過高
金融控股公司可以提高財務杠桿率，比如外資從總公司分配給子公司的資本(如發債或借錢)在總公司和子公司的資產負債表上都有體現。如果子公司繼續用這筆資金對集團進行投資，資金將被重復使用，這意味著資產的重復計算可能會使整個集團的財務杠桿率過高，影響集團的財務安全。詳見《中國金融控股公司趨勢前瞻與發展戰略規劃分析報告》。