(壹)內部控制審計中內部審計與外部審計的合作程度分析
註冊會計師對上市公司內部控制進行測試和評價有兩種情況:壹種是在審計上市公司年度會計報表時確定檢查風險的內部控制測試和評價；壹是接受專項委托，對上市公司內部控制進行評價，出具內部控制審計報告。因為第二種情況是特殊委托，其審計目的與內部審計檢查公司內部控制的目的基本相同。因此，從註冊會計師審計會計報表的情況出發，研究不同審計目的下內部審計與外部審計合作與協調的方式和內容，對我們更有指導意義。
在審計會計報表的過程中，註冊會計師往往需要了解被審計單位的內部控制，並利用控制測試來評價控制風險，最終確定檢查風險的大小和重要程度，並實施相應的實質性測試。在此過程中，評價內部控制的主要目的是合理確認會計報表不存在重大錯報或遺漏。此目的所涉及的內部控制評價僅限於財務報告的可靠性目標，內部審計進行的內部控制測試評價往往涉及確保經營效果和效率、符合適當的法律法規等目標。
上市公司內部審計的內部控制主要包括環境控制、業務控制、資金管理控制、會計制度控制、信息系統控制和內部審計控制。顯然，這些內容包括除會計相關控制之外的其他控制，如環境控制中的治理結構控制、管理思想控制和員工素質控制。註冊會計師在對會計報表發表審計意見時進行的內部控制評價，是為了合理確定審計程序，而不是為內部控制提供可信度保證。其評價內部控制的目標是有效督促註冊會計師在審計會計報表過程中，關註被審計單位與會計相關的控制及其對會計報表的潛在影響。在此基礎上形成並出具的管理建議書，根據《獨立審計準則實務公告第2號——管理建議書》，是指註冊會計師針對可能導致被審計單位會計報表重大錯報或漏報的內部控制重大缺陷提出的書面建議。這也是西方審計理論中內部控制審計的目標。壹是主要目標是通過檢查分析確定內部控制制度的可靠性，為最終的審計工作奠定基礎，可以減少工作量，節約審計資源，提高工作效率，保證審計質量；第二個是次要目標，即由於在對系統的評審和分析過程中獲得了系統內部的大量信息，可以針對系統的薄弱環節或低效部分提出改進的建議。但作為次要目標，建設性意見只是內控體系審計的副產品，能否采納這些意見將取決於企業自己的決定。因此，外部審計對上市公司內部控制的關註只是對上市公司內部會計控制水平的內部控制評價。壹方面，內部控制鑒證服務的目標和作用是有限的，過度依賴內部控制外部鑒證無法實現財務報告的可靠性、法律法規的合規性、確保經營效率和效果的目標。更多的責任還在於企業管理當局建立和完善內部控制，並努力實現其有效實施；另壹方面，由於成本較高，無法由審計會計報表的註冊會計師對全年的整體內部控制進行評價。
以上論述表明，審計內部控制作為外部審計的壹種手段，通過對被審計單位內部控制的評價，可以提高審計效率，保證審計質量。同時，其對被審計單位內部控制的評價為公司管理當局提供管理建議，在壹定程度上只是完成了內部審計目標的壹部分。因此，我們不能認為內部控制審計是由審計會計報表的註冊會計師進行的，而只能在內部會計控制層面，充分利用外部審計的工作。
(二)具體操作
上市公司內部審計對公司內部控制進行審查和評價，包括控制環境、風險管理、控制活動、信息與溝通、監督等。
下面就上市公司內部審計與外部審計在制定公司整體內控審計計劃時可以考慮的配合與協調進行分析。
1，控制環境評價。《內部審計具體準則第5號——內部控制審計》規定，評價壹個組織的控制環境應當關註:業務活動的復雜程度；管理權限的集中；管理行為準則的健全性和有效性；管理層對超越既定控制程序的態度；組織文化的內容和組織成員的理解與認同；公司治理結構的健全性和有效性；組織各級人員的知識和技能；組織結構和職責分工的合理性；重要崗位人員的職責和責任程度及其勝任能力；員工聘用程序和培訓制度；員工績效考核和激勵機制。
至於對控制環境的評價，外部審計在年報審計過程中所關註的，顯然不能滿足內部審計對內部控制評價的要求。在這個環節中，我們應該考慮通過內部審計師的工作為外部審計提供相關的評價。
2.風險管理。《內部審計具體準則第5號——內部控制審計》規定，評價壹個組織風險管理機制的健全性和有效性，應當關註以下幾個方面:可能導致風險的內部和外部因素；風險的可能性和預期後果；抗風險能力；風險管理的具體方法和效果。
對於風險管理的評價，上市公司內部審計可以要求外部審計在審計過程中利用對會計信息的分析性審查和相關檢查，對上市公司潛在的投融資提供風險提示。