1997 65438+10月，SEGA於6月27日宣布與著名玩具和遊戲軟件廠商萬代合並，震驚了整個日本遊戲界。
5月，突然傳出SEGA和萬代的合並合同被推遲到7月。5月27日，SEGA和萬代召開聯合新聞發布會，宣布取消合並。時任總統的孫對此事表示非常失望。他說:“我做夢也沒想到合並會被取消。”。在那之後，SEGA立即推出了他們的新釣魚遊戲，這緩解了壹些壓力。
這次合並對雙方都有利。萬代可以避免破產，而SEGA可以獲得萬代動畫和遊戲制作的多年版權，足以抵禦索尼plus Square和Enix的強大勢頭。然而，由於電子雞的大量銷售，萬代在解決了財務問題後，立即取消了與SEGA的合並。雖然SEGA和萬代的合並對自己有利，因為1996年SEGA本身的經濟狀況因為街機市場的失敗而不好。而萬代則不願意合並，所以既然財務問題解決了，就沒必要合並了。
最後，世嘉土星開始崩潰。由於3D遊戲的流行，世嘉土星糟糕的3D處理能力凸顯出來。此外，世嘉土星主機本身的不平衡設計使得2D遊戲性能遠遠超過了當時最流行的3D遊戲。當SEGA在1998年5月宣布推出新壹代主機Dreamcast時，宣告了世嘉土星的失敗和PlayStation的勝利，也讓遊戲機進入了新壹代(第六代)。2003年2月，SEGA宣布將與日本彈球制造商Sammy合並。但中途被另壹家日本遊戲廠商Namco封殺，宣告破局。之後，SEGA還排除了與Namco和Sammy的合並計劃，甚至進行了大規模的公司重組。然而，在2003年6月底165438+10月，薩米通過收購CSK集團持有的20%的SEGA股份，最終成為SEGA的最大股東。
從2004年6月5日至2004年10月，SEGA和薩米合並他們的業務，形成SEGA薩米控股公司，SEGA和薩米成為控股公司下的完全子公司。
薩米之所以要收購SEGA，是想通過SEGA的遊戲研發能力，加速薩米在遊戲行業的地位，所以薩米從不放棄任何進入SEGA的機會。從2001宣布接手SEGA所有技術開發Dreamcast主機，開發Atomiswave，新街機板，到2003年初合並SEGA薩米，再到2003年底11，薩米宣布以432億日元從CSK集團收購SEGA全部股份成為第壹大股東，這些舉動都顯示了薩米的強大野心。回顧SEGA幾個部門的發展歷史，2000年，為了讓旗下9個遊戲開發部門獨立成長，SEGA曾經將這9個部門獨立變成9個子公司。然而，2003年6月，SEGA重組了其高層組織，並宣布對其9個子公司進行合並重組。演變如下:
第壹開發部WowEntertainment(原AM1開發部)和第七開發部超負荷合並為SEGA WOW。
第二個開發部門AM2保持不變，仍然是AM2(總裁於成立了新公司Digitalrex)。
第三開發部門Hitmaker和第五開發部門SEGA·羅索合並為Hitmaker。
第四開發部門遊樂視界，第六開發部門Smilebit合並為遊樂視界(部分人力成立Smilebit投資體育遊戲開發)。
第八開發部Sonic Team和第九開發部United Game Artists合並為Sonic Team。
原聲音開發部，波主，不變，依然是波主。
然而，在2004年7月1日，由於SEGA和薩米的合並，SEGA的這些子公司都回到了母公司。SEGA還將公司內1，000多名遊戲R&D人員全部重組，重組遊戲R&D團隊繼續開發遊戲。
然而，薩米進入SEGA後，卻引發了SEGA的離職潮。2003年6月至10月，SEGA制片人水口哲也宣布離開SEGA。之後，中川也宣布離開服務了20年的SEGA。