1.檢察院辦理刑事申訴案件有以下程序:
(1)檢察院應當由兩名以上檢察官審查刑事申訴案件，原承辦人不得參加；
(2)刑事申訴案件的公開審查程序；
(三)檢察院作出復查決定後，應當制作《刑事申訴復查通知書》或者《刑事申訴復查決定書》，在十日內送達申訴人、原辦案人員和有關部門；
(4)檢察院提請復查的刑事申訴案件，應當在立案後三個月內辦結。案情復雜的，最長不得超過六個月。
2.法律依據:《中華人民共和國刑事訴訟法》第253條
因申訴而再審的案件，當事人及其法定代理人或者近親屬的申訴符合下列情形之壹的，人民法院應當再審:
(壹)有新的證據證明原判決、裁定認定的事實確有錯誤，可能影響定罪量刑的；
(二)定罪量刑所依據的證據不準確、不充分，依法應當排除的，或者證明案件事實的主要證據之間存在矛盾的；
(三)原判決、裁定適用法律確有錯誤的；
(四)違反法定程序，可能影響公正審判的；
(五)審判人員有貪汙受賄、徇私舞弊、枉法裁判行為的。
二、刑事申訴有什麽特點？
刑事申訴有以下特點:
1.刑事申訴的主體，當事人及其法定代理人、近親屬對已經發生法律效力的判決、裁定，可以向人民法院或者人民檢察院提出申訴；
2.刑事申訴的對象必須是人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，或者人民檢察院作出的實質上終結案件程序的不起訴決定；
3.刑事上訴的理由。原告必須認為上訴的對象在事實上或者適用法律上有錯誤，或者量刑不當；
4.受理申訴的機關是依法有管轄權的各級人民法院和人民檢察院；
5.提起申訴不停止判決、裁定的執行。