1、辦公室。
負責機關文電、檔案、信息、統計、保密、信訪等工作；承擔政務公開和機關資產管理等工作。
2、政治處。
承辦機構編制、人事管理、隊伍建設和教育培訓等工作；按照幹部管理權限，承擔市轄縣（市）工商行政管理局領導班子及相當級別幹部管理的有關工作；負責離退休人員的服務管理工作。
3、財務裝備科。
負責系統經費、財務、裝備、基本建設和國有資產管理工作；編制財務預決算；監督檢查財務、基本建設管理制度執行情況。
4、政策法規科。
組織開展工商行政執法監督和聽證工作；承辦行政復議、應訴和賠償工作；承擔行政執法行為監督、案件核審和法制宣傳等工作。
5、消費者權益保護科（12315消費者申訴舉報中心）。
負責消費者權益保護工作；承擔流通領域商品質量監督管理工作；開展有關服務領域消費維權工作；查處假冒偽劣等違法行為；承擔消費者咨詢、申訴、舉報受理與處理及網絡體系建設工作。
6、食品流通監督管理科。
組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度；承擔流通環節食品安全突發事件應對處理和食品安全案件的組織查處工作。
7、合同監督管理科。
負責合同行政監督管理，查處合同欺詐等違法行為；承擔動產抵押物登記和拍賣行為的有關監督管理工作。
8、企業監督管理科（個體私營經濟監督管理科）。
指導和監督內資企業、私營企業、個體工商戶登記註冊工作；承擔企業、私營企業、個體工商戶的信用分類管理工作；組織查處違反有關登記管理法規的案件；查處取締無照經營；指導個體民營企業協會工作。
9、廣告監督管理科。
組織實施廣告業發展規劃和政策措施；監督管理廣告活動；監測各類媒介廣告發布情況，查處虛假廣告等違法行為；指導廣告行業組織的工作。
10、商標監督管理科。
組織查處商標侵權行為，保護商標專用權；開展安徽省著名商標審核申報和保護工作；依法保護馳名商標、地理標誌商標、特殊標誌和官方標誌。
機關黨委負責機關和直屬（派出）單位的黨群工作。
紀檢、監察機構按有關規定設置。