截止2015年7月，上海大學擁有1個省部***建國家重點實驗室、1個省部***建國家重點實驗室培育基地，1個科技部國際科技合作基地，1個國家體育總局體育社會科學重點研究基地，2個省部***建教育部重點實驗室，1個教育部工程研究中心，3個國家級實驗教學示範中心，4個國家級工程實踐教育中心，4個教育部特色專業建設點，2個上海高等教育內涵建設“085工程”項目，2個上海市協同創新中心， 8個上海市重點實驗室，2個上海工程技術研究中心，2個上海市專業技術服務平臺，1個上海市人民政府決策咨詢研究基地，2個上海市社會科學創新研究基地，2個上海市高校E－研究院，1個上海高校智庫建設項目，1個上海高校人文藝術創新工作室，2個上海高校人文社會科學研究基地，3個上海高校重點實驗室，1個上海高校工程研究中心。
國家重點實驗室（含培育）省部***建高品質特殊鋼冶金與制備國家重點實驗室 省部***建特種光纖與光接入網國家重點實驗室培育基地教育部重點實驗室新型顯示技術及應用集成教育部重點實驗室特種光纖與光接入網教育部重點實驗室教育部工程研究中心材料復合與先進分散技術教育部工程研究中心 國家體育總局體育社會科學重點研究基地國家體育總局體育社會科學重點研究基地國家體育總局體育文化發展中心學術研究基地國家工程研究中心南方實驗基地先進鋼鐵材料技術國家工程研究中心南方實驗基地 高等學校創新能力提升計劃特大城市社會治理協同創新中心（牽頭學校） 上海市重點實驗室上海市特種光纖與光接入網重點實驗室上海市能源作物育種與應用重點實驗室上海市機械自動化及機器人重點實驗室上海市電站自動化技術重點實驗室上海市力學在能源工程中的應用重點實驗室上海市鋼鐵冶金新技術開發應用重點實驗室 上海市高溫超導重點實驗室 上海市工程技術研究中心上海平板顯示工程技術研究中心 上海市資源環境新材料及應用工程技術研究中心 上海市專業技術服務平臺有機光電顯示設計與制造專業技術服務平臺先進復合材料設計與制造專業技術服務平臺 上海高校知識服務平臺 （2個）：公***藝術創意中心 、上海新材料及應用產學研合作中心
上海高等教育內涵建設“085工程”項目（1個） ：轉型期長三角都市圈文化價值變遷研究
上海市人民政府決策咨詢研究基地（1個）：“文化繁榮與社會發展”決策咨詢研究基地
上海市社會科學創新研究基地（1個）：上海發展戰略研究所李友梅工作室、“新媒體發展協同研究基地”
上海市高校E－研究院 （3個）：社會學E-研究院、網格技術E-研究院、現代力學E-研究院
上海高校智庫建設項目（1個）：基層治理創新研究中心
上海高校人文藝術創新工作室（1個）：影視與新媒體創意制作工作室
上海高校人文社會科學研究基地（2個）：中國城市新移民問題研究中心、宗教與全球政治研究院
上海高校重點實驗室（3個）：有機復合汙染分析與控制、智能裝備技術、材料微結構調控及能量轉換
上海高校工程研究中心（1個）：能源動力重大裝備關鍵材料
其他上海市級科研機構：
上海功能納米材料中試技術服務平臺上海市應用數學與力學研究所上海機器人研究所上海市高性能計算機與網格技術研發平臺上海市非線性科學活動中心上海市電子物理研究所上海汽車金屬材料研究工程中心上海光纖技術與現代通信研究所上海射線應用研究所上海計算數學和控制工程研究所上海生物醫學工程研究所上海粉末冶金研究所中國社會轉型與社會組織研究中心上海經濟管理中心上海熱處理技術研究所上海社會發展研究中心上海市老年社會學研究所上海司法研究所上海黨政研究中心上海勞改法學研究所 上海材料基因組工程研究院還有各種校級，校企聯合（寶鋼集團，上海電氣集團，上海汽車集團，上廣電，上海飛樂股份，上海自儀，航天科工集團，香港瑞安集團，美國INTEL，SYBASE，SGI，芬蘭國家技術研究中心VTT，法國ESSILOR國際集團等），國際合作科研實驗室、研究所、研究中心***計100多個。 館藏資源 據2015年學校官網顯示，上海大學圖書館目前***有館藏圖書資料386萬余冊，定購中外文現刊3100多種，其中外文期刊近500種。已引進的中外文數據庫覆蓋了上大所有學科範圍，包含了國內外二次文獻數據庫、電子圖書、中外文全文電子期刊、學位論文以及事實數據庫等。圖書館現可提供中國學術期刊網、維普科技期刊、超星數字圖書館、SCI、Scifinder Scholar、Elsevier、Springer Link 、John wiley、Ei Village、 IEL(IEE/IEEE)等幾十余種網絡和光盤數據庫，可供使用的中外文電子期刊1.8萬余種，中文電子圖書30萬余種。2010年，學校收藏了錢偉長院士畢生學術藏書，***計1萬余冊。 學術刊物 《上海大學學報（自然科學版）》是由上海市教育委員會主管、上海大學主辦的綜合性自然科學學術期刊（雙月刊），創刊於1995年。名譽主編周邦新院士，主編孫晉良院士。入選國家科技部“中國科技核心期刊”、國家新聞出版總署“中國期刊方陣”、“2001年國家社會科學基金項目”課題組核心期刊、《中文核心期刊要目總覽》（2011年版）。同時，刊物被美國《數學評論》（MR）、《化學文摘》（CA）、《劍橋科學文摘》（CSA）、德國《數學文摘》（ZM）、中國期刊全文數據庫、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國科學引文數據庫、中國學術期刊（光盤版）數據庫、萬方數據系統科技期刊群數據庫等十余種國內外檢索性文摘和數據庫收錄。
《上海大學學報》（社會科學版）先後被《中文社會科學引文索引》（CSSCI）、《中國人文社會科學引文數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》和《中國核心期刊（遴選）數據庫》評定為來源期刊、收錄期刊，被《中國期刊網》、《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄。先後進入“中國人文社會科學核心期刊”、“中國人文社會科學學報核心期刊”和“全國中文核心期刊”的行列，被評為“首屆全國百強社科學報”後、“全國百強社科學報”、“上海市最佳學報”，獲中國學術期刊光盤版CAJ規範執行優秀獎。 據學校最新官網顯示，上海大學科研能力和水平處於全國高校先進行列。國際三大檢索（SCI、EI、ISTP）收錄的學術論文數分別位於全國高校50、44、23位，有效發明專利擁有量居全國高校21位，科研經費居全國高校41位。2012年由上大兩位院士領銜的2項科研成果獲得國家科技進步二等獎；2013年度有11項成果榮獲上海市科學技術獎，5項成果獲教育部高等學校科學研究優秀成果獎。2014年新獲國家自然基金項目121項，經費8268.8萬；新獲國家社科基金項目20項，教育部人文社會科學研究項目13項，上海市哲學社會科學規劃項目15項。學校建有國家大學科技園和高新技術開發區，還有各類研究所、研究中心100多個 。
上海大學2011年科研總經費達6.05億。2012年新獲國家自然基金項目160項，經費9841萬元。2012年，“都市社會發展與智慧城市建設”項目入選上海市高等教育內涵建設工程項目，新獲國家社科基金項目22項（其中包括國家社科基金重大招標項目3項）、教育部人文社會科學研究項目29項（其中包括教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目1項）、上海市社科規劃項目12項。在多個領域創造出壹大批國內，國際有影響的人文社科成果和重大科學技術成果，累計獲國家自然科學獎、國家發明獎以及省部委科技進步獎百余項。
2014年世界著名的ESI基本科學指標數據庫統計顯示，上大***計有物理、化學、工程學、材料科學、數學、臨床醫學6個學科的科研實力進入全球研究機構前1%；上大的科研競爭力在全國兩千多所高校中排名第23、上海第3位（僅次於復旦、交大）。