《閩臺關系族譜資料選編》所收鄭氏族譜中有壹段話，說明鄭入閩，“或三山、、潮潮有別”。其中，到達漳州的壹位，宋末定居龍溪，即現在的龍海洋西村，元代由西播遷至破山，即現在的福建龍海顏厝鎮古縣。隨後，由古縣遷至南安。晉江安平鄭氏第十三祖爵封墓誌銘為明代三邊總督洪承疇所撰。洪承疇在的墓誌銘中寫道:“鄭入閩，先居仙遊楓亭，後遷居故鄉。原來的楓亭橋是垃圾，但它的名字今天仍然存在，而且據說爵的祖先是道公。郭宅生謚號後，生於崖上，思而教之。”墓誌銘中還提到，由於倭寇頻繁入侵，被迫南遷至晉江安平壹帶，也就是現在的安海壹帶。
鄭成功的父親鄭誌龍是壹個海上走私集團的頭目。他壹生有五個妻子，第二任妻子田是日本人。當時日本當局非常重視鄭誌龍，平戶的主松浦也給了他壹處宅邸居住。1623年(天啟三年)，鄭之龍赴日經商，與當地女子田結婚。1624年8月27日(天啟四年七月十四日)，鄭成功出生於日本川內千裏濱。見:清軍入關之戰，清軍在南明滅弘光政權。
鄭成功六歲前隨母親在平湖生活，在其父鄭之龍被明朝廷招仕後，被接回泉州安平(原福建省晉江縣安平鎮，今安海鎮)，也就是現在的安海呈貢小學舊址。
1638年(崇禎十壹年)，鄭成功考取秀才，成為南安縣二十名“食道生”之壹。
1641年(崇禎十四年)，在福建泉州惠安嫁給了進士部侍郎董本賢的侄女。
1644(崇禎十七年，清順治元年)，被發配金陵求學。鄭成功進入南京國子監深造，鄭之龍為他的兒子請了壹位老師教他讀書。錢，江浙壹帶的著名儒生。鄭成功小時候的名字叫宋富，老師給他取名森，意思是深入人心，欣欣向榮。為了鼓勵，錢給他起了“大木頭”的名字。同年，莊王李自成攻打北京，崇禎皇帝在景山公園自縊，明朝滅亡。隨後明朝山海關連長吳三桂率清軍入關，擊敗李自成進京。斧王和明朝使節朱友松在南京稱帝，次年(1645)改名為“弘光”。
1645年5月15日(清順治二年，元年)，清朝豫親王多多率軍南下，擊敗揚州，攻占南京。兵部尚書史可法等人殉難，皇帝洪光被俘被殺，弘光政權滅亡。見:龍吳政權，盧建國國王。
弘光政權垮臺後，清廷在江南地區采取了殘酷野蠻的高壓政策，強行頒布剃度令，激起了各地的反清鬥爭。當時鄭之龍全副武裝，成為龍皇帝倚重的主要軍事力量。鄭之龍、鄭鴻逵兄弟擁戴唐王朱為撫州皇帝，於1645年(清順治二年、元年)七月，改“隆武”。不久，魯王朱彜海也在紹興稱之為“監國年”，改“魯監國年”。隆武和盧建國兩個政權雖然“決心復辟”，但相互矛盾沖突，各行其是。
隆武帝建立政權後，鄭之龍將鄭成功介紹給隆武帝，隆武帝非常欣賞鄭成功的才能。他嘆了口氣說:“可惜沒有壹個值得妳忠貞的女子。不要忘記對方！”在封建時代，皇帝娶女兒為妻是至高無上的榮譽。為了表示對的愛，隆帝把封為朱姓，並把他的原名改為成功。從此，鄭森的名字變成了朱成功。自然，朝廷內外都稱為姓，老百姓尊稱他為郭姓葉。
從1646年(清順治三年、隆武二年)，鄭成功開始率軍，多次奉命出入閩贛抗擊清軍，受到隆武皇帝的高度重視。但真正掌握軍政大權的鄭之龍，卻無意全力反清。甚至在清軍南下福建的時候，他就命令仙下官守將師傅(又名石天福，石郎族叔)撤兵到福州(龍武政權所在地)。這導致清軍入侵閩北時幾乎沒有抵抗。
洪承疇，清代大學者，泉州南安人，鄭之龍同鄉。在許諾給三省諸侯的利誘下，鄭之龍不顧鄭成功和鄭鴻逵的反對，決定帶著其他幾個兒子北上投降清朝。鄭成功未能勸阻他的父親，不得不帶著壹些士兵離開金門。鄭之龍以為清朝以後，不僅要保家業，還要升官封爵。不料福建省總司令博羅被清軍攻破。他不僅帶著鄭之龍與其他士人前往燕京，還派兵攻打鄭氏故裏南安。的母親田當時已從日本遷到南安定居，但不幸遭遇這場災難，在戰爭中自縊身亡。當鄭成功得知母親的死訊時，他更加堅定了反抗清朝的決心。成功的是帶領父親的舊軍在中國東南沿海抗清，成為明末的主要軍事力量之壹。
1646年(清順治三年、隆武二年)八月，清軍攻克浦城、霞浦；隆帝逃到江西，在汀州被清軍俘虜，絕食而死。南明宣帝由桂王、朱由朗繼承，改為“萬年歷”。避開金門在龍吳政權滅亡後，鄭成功避開了金門，然後開始在沿海各地招兵買馬，收編鄭之龍舊本部，甚至在南澳養了幾千人馬。1647年(清順治四年，李詠元年)壹月，鄭成功以“忠孝”為名，在小金門(今金門縣列嶼鄉)宣誓反清。
1647年(清順治四年，李勇元年)七月，鄭成功、蔡政的軍隊攻打海城，失敗；八月，鄭成功又以鄭鴻逵部合圍全州府城，清軍漳州副將王錦領兵增援，鄭軍大敗。
1648年(清順治五年，李詠二年)，南明浙江巡撫盧若騰等人回來了。鄭成功積蓄力量後，再次出擊，攻克了同安縣。五月，鄭軍圍攻泉州；七月，清朝靖南將軍陳泰、浙閩總督陳進、福建知府趙國卓轉攻同安，鄭軍大敗，導致指戰員、軍民死傷無數。不久，清軍援軍抵達泉州，鄭成功解除了泉州之圍，回歸大海。同年，清朝江西總兵金聖煥、王德仁在江西起兵抗清，清朝兩廣總督李成棟也投入李詠政權，使抗清復明的勢頭壹時高漲。可惜各方反清勢力大多成了沒有默契、各自為政的局部鬥爭。不久後，清廷在江西鎮壓了金聖煥、王德仁的勢力。第二年，廣東的李成棟軍隊也滅亡了(1649)。
1649(清順治六年，三年)，鄭成功改李勇為正朔；李詠封他為“延平王”(郡王)，從此有人稱他為“鄭燕平”。潮州之戰清軍入關時，閩南局勢混亂。除了明清官軍，到處都是土豪和山賊，互相爭鬥，向附近的百姓收取錢糧，就像軍閥壹樣。與這些地方勢力相比，鄭成功的軍備相對完備，但由於軍隊太大，領土太小，他面臨著提高工資的重大問題。
1649年(清順治六年、三年)十月，鄭成功決定出兵南下。除了進攻閩南的清軍，他還計劃制服沿路的城鎮和村莊作為食物來源。壹個多月後，漳浦、小蕓等地被清軍攻占，達濠、霞美等村也有人定居；11月，鄭軍攻打詔安，但決定轉向粵東，攻克分水關至潮州壹帶不合作的零星部隊。次年5月間，朝陽及周邊眾多山寨第壹次被攻克。潮州郡司令郝尚久於1648年(清順治五年、二年)與李成棟反清，但攻打施瑯、鄭鴻逵等部，拒絕了鄭成功“聯軍”的請求。鄭軍攻打新圩村時，發兵刁難，與鄭成功交惡。
1650年(清順治七年、四年)六月，鄭成功的軍隊到達潮州，他以“位置不清”為由，出兵攻打郝尚九。郝部失守，退守府城，揭陽、普寧、惠來等縣落入鄭軍之手，不久，清軍再次入侵廣東；郝尚九被搞得腹背受敵，但他壹怒之下，派清軍進潮州城抵抗鄭。鄭軍三月圍攻潮州城，士氣低落，又面臨糧援問題，只好於八月退守閩南。1650年(清順治七年、李詠四年)，鄭成功叔父蔡政、鄭煉的部隊擁有夏門。鄭成功回到閩南後，為了壯大自己的實力，以鄭煉為借口，在廈勒索錢財，苦害百姓。接受施瑯的建議，有計劃的拿下廈門。同年中秋節，鄭成功乘蔡政離廈之機去看望鄭煉。鄭煉沒有防備，遇刺身亡。不久，當蔡政得知鄭煉的死訊，他更加害怕與鄭成功作戰。回到廈門後，他交出了所有的兵權。此後，接收了和鄭的部分軍隊，實際上取得了廈、金兩地作為根據地。1650年(清順治七年、李勇四年)，農歷十壹月，清平南王尚可喜、京南王耿濟茂率數萬鐵騎入廣州；鄭成功命令他的叔叔鄭之冠留在廈門。12月，鄭成功到達廣東揭陽，與鄭洪奎會師；卻說引兵南下，鄭鴻逵引兵守夏門。同年，魯王朱義海在內閣部曾瑛等人陪同下，來廈投靠，被安置在金門。
1651(清順治八年、李勇五年)正月，鄭成功到達南澳。2月25日，鄭鈞的船隊在兗州港附近遭遇風暴，鄭成功的主船幾乎解體傾覆，船上包括鼎爐在內的器皿幾乎全部丟失。據記載，當時船上連食物都不能準備，鄭成功本人甚至餓了兩頓飯。直到第二天下午，風雨逐漸平息，鄭成功的主要和輔助船只才能返回岸邊迎接艦隊。這是鄭成功本人在海上遇到的最大災難。事後，鄭成功還獎勵了中國軍艦的兩名主副駕駛員。農歷三月，鄭鈞到達廣東大興所(今廣東惠東)。另壹方面，清朝福建巡撫張學勝得知鄭成功主力大軍已經去了廣東，廈漳防守松動，似乎有了機會。他命令馬德功、王邦俊等人攻打廈門。馬德功挾持在南安的鄭之寶，命其交出船只將清軍擺渡到廈門，在海上成功擊敗鄭軍。面對清軍的進攻，負責廈門防務的鄭之冠戰前戰戰兢兢，只顧著搬運財物上私船逃生；它使清軍相當輕松地攻破了廈門，並掠奪了鄭氏家族的積蓄和裝備。由於事故的突然發生，董夫人和鄭成功的長子鄭靜只來得及帶著他們的祖先牌位逃離大海。清軍偷襲得手後，無意留在廈門與鄭軍作戰，於是帶著大量戰利品返回內陸。就在這時，趕赴廈門支援的鄭洪奎在海上被馬德功的還軍圍困，卻被馬德功威脅說要殺了他的母親和哥哥(鄭誌龍飾)。無奈之下，他只好放手。很快，鄭成功得知了進攻廣東夏門的消息。起初他還堅持南下勤政，但最後因為官兵想家，哭得到處都是，只好班師回廈門。收復夏門後，追究責任，將叔父鄭斬首，不敢出戰逃跑；而鄭洪奎卻交出兵權，退居東石鎮白沙，不再過問政治。同年，農歷五月，鄭洪奎的將軍施瑯以叛國罪處死了大臣曾德，鄭成功想以此為由懲罰施瑯壹家。施瑯在朋友的幫助下逃了出來，但他的父親和弟弟都被處死了。從那時起，施瑯和鄭成功結下了深仇大恨，並決定重新定居。1651(清順治八年、五年)下半年，鄭軍在閩南的小營嶺、海城(今龍海市)等地作戰，取得了磁竈、前山、小營嶺戰役的勝利，收復了和平、漳浦、詔安、南靖等地。年底，包括定西張厚明珍等人前來投靠，這使得鄭鈞的聲勢日益高漲。
1652年(清順治九年、六年)，農歷正月，清海城司令何文興向鄭成功投降。二月，鄭軍攻打長泰，清朝派陳進率軍救援。兩軍在江東大橋大打出手。熟悉閩南地形的鄭成功在江東大橋附近布置了多次伏擊，打敗了陳進，消滅了大部分清軍，取得了江東大橋之戰的勝利。不久，長泰被攻占。攻克長泰後，鄭成功集結大軍攻打漳州府城，層層包圍。四月，為解漳州之圍，清朝募數百船進犯廈，攻可存。鄭成功派陳暉、周瑞和100多艘戰船去迎接他。余崇武擊敗清軍，取得崇武之戰勝利。鄭軍在海上大獲全勝，因此漳州城的壓力不減反增；但漳州守軍也相當頑強，使得圍城局面持續了大半年。幾個月下來，漳州城內的水和食物已經耗盡，無數士卒和百姓餓死。據說當時城裏的軍民互相爭搶食物，連家裏有飯吃的人都不敢做飯，因為壹旦被發現點燃了煙，人就會被搶，甚至據說有人吃人肉。歷史上“城中百姓自食，百姓八死，兵馬皆饑。”同年九月，清軍大將孤山額濟納金率萬人大軍至福建，入泉州府。鄭成功下令解除敵人對漳州的包圍。鄭成功把他的部隊安排在漳州的隴西古縣，並試圖用擊敗陳進的方法伏擊金立軍。然而金利國善抓住了他，兩軍展開混戰。鄭軍的府尹黃山、吳禮鎮的陳峰、遊仙鎮的廖婧、秦鼎鎮的郭婷和遊泉鎮的洪都在激戰中陣亡。戰鬥失利後，鄭軍不得不撤退，以確保海城和廈門的安全。清軍乘勝收復南京、漳浦、平和、詔安四縣。
1653(清順治十年，李詠七年)農歷四月，李晶入侵海城，與鄭成功激戰。在清軍的猛烈炮火下，鄭成功的部隊損失慘重，許多人將會死去。當鄭成功看到軍隊士氣低落時，他去前線大喊，結果也遭到炮擊。5月，鄭成功發現清軍的火藥和金錢都沒有了，於是誘敵決戰。在清軍大舉渡河的同時，他以火攻金，取得了海城之戰的勝利，海城安然無恙。海城之戰後，李晶被清廷召回京師，雙方再次陷入僵局。1653(清順治十年，七年)農歷五月，清軍兩次大敗後，順治帝封鄭成功為“海成公”，鄭成功不接受。八月，雙方與泉州府安平弘治議和，鄭鈞得以休薪，稍作整頓。11月，順治皇帝再次加封，答應給壹座房子(全州府)安置士兵，但鄭成功仍不接受。
1654(清順治十壹年，李勇八年)，定西張厚明鎮看到清軍已集中兵力於福建，江浙防禦勢必空虛；於是，他向鄭成功請了壹位老師，率領數百艘戰船北上，攻占了長江以南地區。張明鎮北伐之師沿長江進攻，直抵金山寺，威脅南京城。然而，由於缺乏後援，我不得不返回李。二月，清廷又派特使到鄭成功，答應把地方讓給興化、全州、漳州和潮州。鄭成功再次拒絕，理由是“兵馬多，地方不夠幾個省用。”八月，清朝派使節來議；鄭成功的兄弟杜政和尹正也在特使之列。鄭成功說“清朝沒有誠意”，“只要我不被召見，我父親在朝鮮就很榮幸”，再次拒絕了清朝提出的條件，堅持抗清。
1654年(清順治十壹年、李勇八年)，南明熙寧王李定國與鄭成功聯系，希望從東西兩個方向共同進攻廣東，使明朝的勢力得以融合。如果沿長江北上，攻打江西、安徽、江蘇三省，復興大業可期。鄭成功派林查、周瑞西征，卻因故推遲了與李定國的約會；結果李定國孤軍奮戰。雖然收復了肇慶，但還是敗在了廣州城外。李定國對與聯合北伐寄予厚望，甚至促成了李與鄭煉的聯姻以鞏固聯盟。但令李定國頗為失望的是，鄭成功因為屢戰屢勝，錯過了這壹盛事。同年，清朝漳州守將劉國軒向鄭成功投降，率領鄭軍進入漳州府城。漳州將軍鎮張詩堯見大勢已去，以下官員全部投降鄭軍，十二月，鄭軍分兵進攻，攻占同安、南安、惠安、安溪、永春、德化五縣，大軍進入興化。
1655(清順治十二年，李詠九年)，由於李詠和鄭成功的勢力相距甚遠，鄭成功被授權設六部官，並獲準任命官職，設武官壹名，文官六名。每次鄭成功祭奠官員時，他都會邀請寧靖、樹貴和其他明朝皇室成員觀看儀式，以示對制度的尊重。鄭成功還將夏門(當時叫中左所)改名為“思明府”，並建有武館，親自監督官兵們練習。9月，清廷定遠將軍、太子鄭親王率3萬大軍進入福建，與駐閩部隊壹起準備攻廈。鄭成功鞏固了金門和廈門的防禦。同時，派遣部還會帶領艇師分兩路出擊，壹路北上浙江，壹路南下廣東，清軍很難兼顧頭尾。北有鄭軍連戰全勝，攻舟山。鄭軍雖曾南征揭陽，但被清軍援軍擊敗，傷亡慘重。
1656年(清順治十三年，十年)四月，調集各路水軍攻廈，在圍頭海域被鄭重創，清軍大敗。鄭軍打贏了泉州之戰。12月，鄭成功的部隊在閩東北的護國嶺戰役中獲勝。參見:鄭成功北伐和南京戰爭。
1658年(清順治十五年，十二年)，鄭成功率領十七萬水軍在浙東與張煌言會師，展開了聲勢浩大的北伐。大軍入長江前，在陽山水域遭颶風襲擊，損失慘重，不得不暫時退回廈門。
1659年(清順治十六年，十三年)，鄭成功再次率領大軍北伐，與張煌言部隊壹起順利入長江，接連攻克鎮江、瓜州，接連取得關、瓜州、鎮江戰役的勝利，圍殲南京，打響江寧白土山戰役。張煌言還收復了蕪湖地區的十幾個州縣，江南震動了壹陣子。後來由於鄭成功計劃減緩清軍的兵力，意外遭到清軍的襲擊，導致鄭軍大敗，將士損失，包括甘慧、萬裏、、等。鄭成功戰敗後，曾試圖攻占崇明縣，作為再次進攻長江的陣地，但久攻不下，只好退回廈門。南京之戰是鄭成功壹生中最輝煌、最重要的壹場戰役，但卻是先盛後衰，以大敗告終，使鄭成功的反清大業遭受致命挫折。
1660年(清順治十七年，十四年)，清軍大將大蘇率領的水師四萬余人在福建海門港(今龍海東)全軍覆沒，廈漳戰役勝利，威望再起。自1647年1月(清順治四年，李詠元年)起，鄭鈞轉戰浙、閩、粵等省東南沿海，多次幫助明朝宗室和民眾渡海定居臺灣省和東南亞。此外，鄭成功要求中國商人接受付正令牌和“國興業”的旗幟，以幫助保護中國人在海外做生意的安全；當時確實有不少海外華商采用了這壹法律，能夠安全出海經商。然而，數萬軍隊無法獲得大面積的根據地，鄭成功被迫通過海外貿易來準備軍餉。北伐南京失敗後，鄭成功的兵力被大大削弱，面臨軍糧不足的問題。為了解決軍隊的後勤問題，鄭成功決定采納何彬的建議，收復被荷蘭殖民者占領的臺灣省島嶼。
161年4月(清順治十八年，十五年，農歷三月)，鄭成功留下兒子鄭經鎮守廈金。鄭成功親自率領兩萬五千士兵和數百艘戰船，從金門的羅灣出發，經澎湖渡過臺灣省海峽，進軍臺灣省。荷蘭臺灣島西南有兩個防禦要塞，壹個是大州(今臺南市安平區)的澤蘭迪亞堡，壹個是臺江內陸赤坎(今臺南市中西區)的普羅文提亞。24日，大軍入澎湖海，狂風驟雨驟至。為了早日完成光復大業，在極其惡劣的天氣條件下，部隊成功受命連夜破浪。同年四月初壹日，鄭成功的軍隊經鹿二門水道進入臺江內海，在河寮港(臺南市北區開元寺附近)登陸，意圖以薄弱的防禦確保城池。隨後，鄭軍在臺江水域與荷蘭軍艦展開海戰，擊沈荷蘭軍艦黑克特號，取得了臺江內海的控制權。同時在北線末端擊敗荷蘭軍隊，以優勢兵力包圍城市。不久，在四月的第五天，城市的守軍被迫投降。在獲得了平民要塞城作為據點後，鄭軍立即從海路和陸路圍攻了格蘭城。考慮到兩萬人的軍餉不易發放，鄭成功不打算打持久戰。他從壹開始就向熱蘭城施壓，試圖脅迫荷蘭軍隊投降。在荷蘭高級官員弗雷德裏克·科耶特(Frederik Coyett)拒絕了他的投降請求後，鄭成功曾下令強攻熱蘭城，但遭到了荷蘭軍隊極其頑強的抵抗，鄭軍損失慘重。由於強攻無力，軍中糧食短缺，鄭成功被迫改變策略，將大部分兵力派往南北開荒斂財收糧，以解軍中缺糧之急，並采取了長期圍攻周蘭城的策略。
1661年(清順治十八年，十五年)五月初五，鄭成功改赤朗為“東方明靜”，設承天府、天興、萬年縣。敵軍指揮官描述了南丁的失敗和投降。於是，楊朝東成功進駐赤坎塔，親自率軍攻打赤坎城(荷蘭殖民者在臺南修建的“國王城”)。鄭成功寫了壹封信給荷蘭殖民領袖、臺灣總督奕奕，要求他投降。信中有幾句話:“然而臺灣省早已由中國人所管，中國之地也。.....妳既然來要，就還給我。”中國人民收復失地是不可磨滅的事實。但咄咄逼人的八壹依然根據危險試圖反擊，成功命令軍隊緊緊包圍紅嵌城，並以火攻之。赤壁市附近的高山族前來歡迎和幫助鄭成功，該市的漢族人也給鄭成功發去了信息。殖民者的命運完全掌握在鄭成功手中。
赤壁城被圍困七個多月，敵軍官兵死傷壹千六百余人。最後切斷了敵人的水源，只好舉白旗宣布投降。荷蘭殖民者臨死前還在絕望中努力掙紮。1661年7月(清順治十八年，李勇十五年)，荷蘭從巴達維亞派出的援軍到達大公。除了六百多名士兵和十壹艘戰艦，援軍還帶了大量的物資和火藥到吉蘭城。當時鄭成功的兵馬仍分散在臺省各地執行任務，駐紮在達官貴人和普通百姓覆蓋的城鎮的兵馬估計不到3000人，從而重新燃起了荷蘭軍隊反攻的希望。7月中旬，停泊在外海的荷蘭援軍遭遇強風襲擊，被迫離開大關海岸，前往澎湖避風避雨。其中荷蘭軍艦烏爾克號不幸擱淺，船上人員全部被鄭軍俘虜，這壹變故給了鄭軍暫時的備戰機會。8月荷蘭軍艦返回正式水域時，鄭軍雖然未能召回大部分兵力，但早已做好了戰鬥準備。8月中旬，荷、鄭兩軍在臺江內海展開激烈海戰。鄭軍大獲全勝，擊沈了壹艘荷蘭軍艦，繳獲了幾艘船只。從此，荷蘭軍隊失去了主動進攻的能力。12月，德裔荷蘭士官漢斯·朱裏安·拉德叛逃。根據他提供的情報，鄭成功炮擊並摧毀了蓋雷朗格市的烏得勒支碉堡，從而使蓋雷朗格市的毀滅成為定局。12月8日，這位荷蘭官員給鄭成功寫了壹封信，表示同意“和談”敵人簽署了投降條約。12月20日，向鄭成功投降，八壹帶領500余名殘敵撤出我國領土臺灣省。被占領了30多年的臺灣省，從此回到了祖國的懷抱。1661年(清順治十八年，李勇十五年)，順治皇帝崩，第三子康熙皇帝繼位；鄭氏家族統帥向當政的建議“剿賊五策”，其中包括二十年令，從山東向廣東沿海移動二十裏，切斷的經貿資源；摧毀沿海船只，寸板不準入水；與此同時，成功之父鄭之龍在寧古塔遷徙地被斬首(壹說是在北京菜市口斬首，即付雪胡同西口，元代以來的刑場)；挖鄭的祖墳；安置投降官兵，開墾荒地。
鄭成功接連聽到噩耗，臺兵不安於人情，其子鄭靜在澎湖與奶媽有染，迫使鄭成功於1662年(清康熙十六年)五月初八突發急病而死。臨死前高喊“我無臉見地下皇帝”，抓破了臉，死於39歲。但根據夏琳的《閩海紀要》和蔣日升的《臺灣省誌》，鄭成功的病起初並不嚴重，還能讀書、觀臺、飲酒。有些人認為他可能是被毒死的。
李光地的《榮村語錄續編》中提到:“馬鑫薦醫以為中暑，終遲而死”(據蔣日升《臺省誌》記載，他的死離他成功死亡只有五天)。夏琳的《民海紀要》記載，鄭成功死前，巡撫洪秉誠混藥，被成功撲倒在地，隨後成功“跺地尖叫”。石琳在《與蓮花·從眾的談話》中說，成功是“突然的瘋狂”和“咬死他所有的手指”。
據《臺灣省縣誌》記載:“國姓龔病時，五月初二日天黑，馬蜂大鬧。第三天更是狂風暴雨，臺江、安平近海海浪沖天，隨後雷震雷電交加，如山崩...第五日，余數清，第八日，姓葉者死。”
鄭成功死後，其子鄭經在金門發動軍事政變，自稱延平王(郡王稱號不世襲)，擊敗控制臺灣省的鄭成功弟弟，登上臺灣王位。然後把杜東明靜改成東寧；根據陳永華的提議，他移植了明朝的中央官制，仍然為死去的皇帝李詠正朔服務，成為南明反清的最後壹塊根據地。
1680年(康熙十九年)，鄭經和陳永華相繼去世，權臣馮錫範繼位，鄭經幼子鄭克雙。施瑯率清軍攻克澎湖後，鄭克雙於1683年(康熙二十二年)降清。鄭政權總共統治臺灣省只有23年；1684年(康熙二十三年)四月，臺灣省正式納入大清帝國版圖，隸屬福建省，設立臺灣府，轄臺灣縣、鳳山縣、竹羅縣。