1，信息獲取困難，管理障礙重重。
子公司有自己的立場，如果不被控制，這種立場或者自我意誌會越來越明顯。當母公司利益暫時對子公司現狀不利時，子公司就會鋌而走險，隱瞞或謊報信息。這樣的結果就是管理失控，隱患無處不在。
2.子公司自利，收益難以保證。
作為子公司，壹般情況下會專心經營，努力創造最好的業績。但在操作過程中，其實也有壹些個人有所得，公司有所失的環節。壹些不為人知的幕後交易，可能會讓壹部分人暴富，尤其是壹些公司高管，很容易得到這樣的機會。有時候公司是虧損的，占用了很多投資成本，而有的人卻賺得盆滿缽滿。這就是過度分權、管控失衡導致的監管不力，滋生了腐敗。
3、人才管理風險
公司之間的競爭，可以解讀為各種版本，但最終，沒有壹個，人才有沒有競爭力。如果壹個公司擁有行業內的專業或拔尖人才，也就擁有了行業內的主導地位。母公司要對子公司團隊和人才的建設和管理提出要求和標準，否則很難保證能打造出壹支高素質的人才隊伍。沒有人才就不能拼搏，遇到挑戰就沒有戰鬥力。另外，如果沒有對子公司人才管理的幹預，妳連最起碼的團隊情況都不了解，更不要說人齊動的大話了。公司之間的關系本質上取決於人際關系、合作關系和熟悉程度。管控的第壹步是管人，人不能放棄考核權。放棄造成了子公司人才管理的風險。
4、流程管理的法律風險
在日常生產經營生活中，法律風險無處不在。所以壹句話，壹句話，可能會讓妳最後的債權無法收回，理性變得不合理。這就要求子公司從外部合作和內部控制兩方面從工作流程上防控風險，做到事前防範。子公司雖然是獨立法人，但獨立承擔民事責任。但是管理不到位，風險存在，最後危機來了，會給母公司造成損失。因此，子公司控制權的喪失會造成流程管理的法律風險。
如何解決子公司的管理問題
1.以股東大會的形式。
主要是母公司控制子公司的股東大會，通過股東大會影響子公司的經營決策。但有壹個例外，即當子公司不是全資的，母公司持股不足三分之二時，由於子公司股東大會的特別決議需要三分之二的股東行使決議權，母公司可能無法完全實施其影響力。
2.通過子公司的董事會。
股東大會只決定子公司的幾個重大事項，作用有限，而重大業務的決策是由董事會執行的，所以控制董事會非常重要，母公司可以通過控制子公司董事會來施加影響。
3.以母公司董事會的形式
各國法律不同，但壹般要求子公司經營中的壹些重大決策問題，如接受或轉移重要財產、巨額借款等，需要母公司董事會解決，這樣才能實施壹些影響。
4、通過母公司對子公司的績效評估和指導。
母公司可以通過對子公司的常規績效考核、重要事項的審議和對子公司部分工作的指導。
企業管理子公司的方法
1，梳理股權結構
梳理股權主要看壹個邊界，母公司是不是第壹大股東。如果是，母公司處於絕對控股地位，從法律上掌握著控制權的主動權。母公司可以制定規則，子公司可以遵守。如果沒有，就要看母公司控制人和子公司控制人之間的關系，是否存在其他利益關系，這樣才能找到控制的便利。如果不存在主動控制的可能性，則通過合作協議約定管理方式。
2、控制升級，適當集權。
過度分權是有害的，所以對策是升級控制，適當集中權力，集中關鍵權力。從管理權限和模式上，加強對子公司的控制。許多集團公司采用財務控制模式來控制子公司，即監控財務報表，掌握資金流向和過程盈利能力。這種方法表面上是管理過程，實際上只想要結果，追求投資回報的結果。如果要進壹步降低風險和隱患，還應該從各方面直接介入。人力資源管控是做好管控的關鍵工程。
3.加強專業技術控制和指導。
做好管控，發揮專業技術優勢，在公司內建立技術與技術的關系。子公司靠專業技術才是硬道理。只有人才可以讓人信服，只有人才可以讓人佩服。具體措施可以是母公司定期進行技術檢查和指導，建立公司間技術交流會議制度，共同研發新課題等。