2001，資產重組。
2002年，“齊魯”艦、“魯花”艦提前淘汰。
2003年，“魯博都7”輪提前淘汰。
2004年，“渤海金珠”和“渤海銀珠”艦開工建造。
2005年股權轉讓，遼寧省大連海洋漁業集團公司控股，成為公司第壹大股東。
2006年進行股份制改革。山東渤海輪渡有限公司成立。
2006年，“大華”艦、“中路”艦、“順路”艦、“興路”艦提前淘汰。
2007年，渤海明珠號、渤海玉珠號、渤海朱寶號和渤海朱非號開始建造。
2008年，與煙臺港集團有限公司、韓國HANARO海運(珠海)簽訂合作協議，計劃開通中韓國際客運滾裝船航線。
2009年，更名為渤海輪渡有限公司。
2010，“包華”艦和“華英”艦將提前淘汰。
2010“渤海翠竹”和“渤海朱靜”兩艘國際標準滾裝船開工建造。
2010由煙臺港務有限公司和中海輪渡有限公司合資的煙臺同三輪渡碼頭有限公司開業。
2011第19次中韓海上會談已確認同意開通煙臺至平澤的客滾班輪航線。
2012年4月25日，公司首次公開發行股票獲得中國證券監督管理委員會發行審核委員會第71次會議通過。
2014年4月28日，渤海輪渡有限公司投資購買的郵輪“中華泰山”號經過30天的航行抵達威海，停靠山東威海榮成石島港。“中華泰山”號郵輪在德國建造，屬於中型豪華郵輪，全長180.45米，寬25.5米，總噸位24500噸，座位1000個。它是中國第壹艘完全擁有並獨立管理的中型豪華郵輪。