1999年9月策劃組織整合全國交通系統(包括郵電、鐵路、港口、公路等)70余家大型企業集團和上市公司。)，為資金進行項目融資和項目策劃，並成立中國交通投融資專業委員會，擔任秘書長，推動中國交通系統投融資發展。
2000年6月至10月，進壹步整合資源，策劃組織北京大學光華管理學院等單位成立北京大學風險投資研究中心，並任常務副主任。厲以寧、王選等著名學者和實業家成為該中心的重要成員，該中心是中國第壹個大規模的風險投資理論研究基地。
5438年6月至2000年2月，單祥雙同誌在總結國內風險投資公司弊端的基礎上，提出了利用基金管理中的模式雲作為風險投資的設想，並迅速組織北京大學、招商局蛇口工業區等單位發起成立了全國第壹家風險投資管理公司——北大招商創業投資管理有限公司(現更名為中科招商創業投資管理有限公司)，並出任總裁。
2001年5月，單祥雙同誌帶領團隊，經過3個月艱苦卓絕的募集工作，成功發起設立了國內首只註冊資本為3億人民幣的創業投資基金，並實現了當年成立並盈利的目標。
2002年6月5日至2月，招商局交通產業投資管理公司成功成立。