當時校址位於鼓樓區河東路德桂巷17號，占地約100畝。建校初期開設了幹部文化班，設置了藥劑師和土壤測試兩個專業。學員都是從福建省選拔的在職幹部。1955，藥學、檢驗專業開始面向福建省招收初中畢業生。
1958福州醫學博士學校撤銷，衛生博士專業調整到該校。1959初中畢業生人數大增，衛生幹部學校的名稱已經不合適，於是學校正式命名為“福建省衛生學校”。
1963年春，南安市中草藥學校中草藥專業並入學校，調整時中草藥專業改為中藥師專業。此後，學校開設了藥師、檢驗師、保健醫生、中藥師四個專業。在此期間，學校還舉辦了工廠防疫幹部培訓班、婦幼衛生幹部培訓班、工業衛生幹部培訓班、醫學會計班、藥物培訓班和藥學、檢驗專業函授班等各種短期培訓班。
1966.“文革”全國爆發，學校因革命停課，造成串聯人的熱潮。不久，軍事宣傳隊進駐學校，組織教職員工開展“鬥、批、改”和“清理班級隊伍”。學校癱瘓，當年停止招生。
到1969下午的後半段，學校被撤銷，教職員工被分配工作和鍛煉，校園建築被外系統占用，所有的書籍、儀器和設備被分發。
由於“文革”的影響，福建省醫療衛生人才嚴重短缺，影響了醫療衛生部門的發展。在社會的強烈需求下，學校準備在1972福州助產學校舊址重新開放，1973恢復招生，仍開設藥學土、檢驗師、保健醫師、中醫等專業。
1976 10粉碎了“四人幫”反革命集團，連續十年的“文化大革命”告壹段落，特別是黨的十壹屆三中全會，從根本上突破了“左”傾錯誤的束縛，民族戰線發生了歷史性的偉大轉折。祖國到處充滿活力，這所學校也不例外。
1978，開設藥學大專班。1979，開設檢驗專科班。1982以來，學校先後與閩清精神疾病防治研究所、福建省婦幼保健院、福建醫科大學附屬協和醫院、第壹、二附屬醫院、福建中醫學院附屬人民醫院、福建職防院、福建省衛生防疫站、福建省腫瘤醫院等單位合作，以學校名義招生辦班，開設助產士、護士、保健醫生等專業。
學校先後成為中國藥科大學成人教育學院福建函授站和北京中醫藥大學校外遠程教育學習中心，創辦了福建省鄉村醫牛培訓中心和醫美培訓中心。特別是中國藥科大學成人教育學院福建函授站成立於1987培養高中函授學生，2001開始培養大專函授學生。函授站招生規模不斷擴大，現有學生750人，為促進福建省藥學事業的發展發揮了應有的作用。
1990藥學專科班隸屬於福建醫科大學，更名為福建醫科大學藥學專科班，成為福建醫科大學專科班教學點。65438至0998年招收藥學、檢驗類高職學生，2000年招收護理類高職學生。65438-0996學校與福建黎明企業集團聯合創辦福建省第壹所民辦中等衛生學校——福建黎明衛生學校，由黎明企業集團投資建設。學校組織實施教學，校企合作，優勢互補，開設藥學、護理、護理(英語專業)、醫學檢驗、助產、健康管理等社會急需的專業。自2003年以來，共招收了65，438+0，376名學生，向社會輸送了65，438+0，006名中級衛生專業人員。
2003年，福建民辦育才衛生學校並入學校。2004年，學校與福建黎明企業集團再次合作，聯合創辦的福州黎明職業技術學院獲得福建省政府批準。2004年秋開始招生，開設食品衛生與檢驗、園林花卉、藥物制劑、醫藥營銷四個專業。
5438年6月+2002年2月，福建省政府同意福州衛校並入學校，通過土地置換，籌集資金，搬遷重建。福建醫學院成立。
2003年，學校獲準以福建醫學院(籌)的名義開始招生。第壹次招生包括藥學、實驗室和護理。2014年6月學校官網顯示，學院已與福建省立醫院、福建省腫瘤醫院、福建海王府藥業有限公司、福建惠好藥業集團、國藥控股福州有限公司、深圳邁瑞科技有限公司、長春迪瑞醫療科技有限公司等醫院(企業)簽訂校企合作協議，學院已舉辦福建省立醫院護理班、臨床醫學(影像診斷方向)等8個班的校企合作基地， 福建省腫瘤醫院護理班和醫學影像技術(放射治療方向)，福建惠好藥業集團藥學訂單班，莆田九五醫院助產班，廈門鷺燕制藥有限公司藥學班。
學校官網2014，10顯示，學院已與美國、加拿大、日本、菲律賓、臺灣省、香港、澳門以外的十余所高校建立了合作關系。