壹般納稅人在辦理註銷稅務登記時，如果企業銷項稅額大於進項稅額，且企業按照註銷企業相關政策規定繳納增值稅後仍有存貨余額的，應按照存貨的適用稅率計算存貨余額以繳納抵扣稅款，因為存貨的進項稅額在最初購買時已經扣除，減少了當期應納稅額。由於本期存貨退出了企業的經營活動，因此需要對已提前抵扣的進項稅額進行調整。這既符合增值稅的立法原則，避免了稅收流失，也防止了企業利用高庫存增加抵扣稅款，偷稅漏稅。
該企業被依法註銷，增值稅壹般納稅人資格被取消，表明該企業將不復存在。這時就要註意企業是如何處理包括存貨在內的所有資產的，如果分配給股東或投資者，就要視為銷售；如果是免費送給別人的，應該算是銷售；如果沒有使用價值，被廢棄或丟失，應視為非正常損失，將進項稅轉出補稅。
二、小規模納稅人註銷企業存貨的處理方法
由於小規模納稅人企業在政策上的特殊性，小規模納稅人企業繳納的增值稅不應進入進項稅，也不應從銷項稅中抵扣，而應計入購進成本，無論是否取得增值稅專用發票。因此，如果核實存貨在正常範圍內(即平時稅負正常，存貨賬實相符，不存在虛假)，則不應轉出進項稅或預提銷項稅。小規模納稅人企業註銷時，其存貨不進行納稅調整。
三、註銷後企業出售存貨的處理方法
稅務登記註銷後，壹般納稅人企業和小規模納稅人企業不能再開展經營活動。如果企業的存貨尚未處理，過壹段時間後仍有存貨待銷，他們應持購貨單位的結算憑證和雙方的購銷協議向稅務機關開具普通發票，按稅收政策納稅。
企業註銷的壹般流程:
1.向國稅主管稅務機關提交註銷申請，明確清算日期；
2.填寫註銷申請表，交回稅務登記證、發票準購證、未完成發票、金稅卡及附屬設備；
3、申報取消當月的增值稅、
4.如果企業所得稅主管稅務機關是國家稅務總局，則需要進行65438+10月1年度至清算日的企業所得稅匯算清繳申報；
5.對清算日至清算終止日之間發生的清算收入申報企業清算所得稅；
6、主管稅務機關完成網上審批程序，並將網上程序傳送至稽查局，由稽查局審核，最後出具相關結論並在《企業註銷申請表》上蓋章。辦理完上述手續後，即可到主管地方稅務機關辦理註銷。