首先，侵害了上市公司的法人財產，嚴重侵害了中小股東的權益，違反了相關法律。我國《公司法》明確規定，“公司享有股東投資形成的全部法人財產權”，“董事、經理不得挪用公司資金或者將公司資金借貸給他人，公司股東作為出資人，按照其投入公司的出資額享有資產收益、重大決策和經理人選等所有者權利。”上市公司的資產是全體股東按股份享有的法人財產，而不是某個大股東或某個人的財產。大股東及其他關聯方占用上市公司資金，直接侵犯了公司法人財產權，侵害了中小股東財產權，違反了《公司法》的相關規定。
其次，影響上市公司正常經營，導致上市公司盈利能力持續下降甚至退市。根據相關會計制度規定，上市公司每年必須對“應收賬款”和“其他應收款”計提壞賬準備，計入“管理費用”項下的費用，直接沖減“營業利潤”。上市公司大股東及其他關聯方占用的資金金額越大、占用時間越長，計提的壞賬準備就越大，利潤減少的金額也就越大。“粵東金曼(00588)”就是因大股東及關聯方占用巨額資金，影響公司盈利而被迫退市的典型。ST，春都也因為大量資金被控股股東占用而沒落。ST top也未能擺脫這種命運。目前已披露大股東關聯公司占款5.39億元，樂飛系三年跨三家上市公司較為典型。欣泰科技(600728)因大股東財務狀況惡化，無法償還公司資金，需全額計提減值準備。2004年6月至2005年6月，大股東占用* * *賬戶46個，金額1.47億元。無奈之下，公司將大股東告上法庭。
第三，加劇了上市公司的隱性風險，使投資者面臨巨大的投資風險。壹年內應收賬款占主營業務收入比例較高的上市公司也面臨較大風險。壹般來說，壹年期的應收賬款占當年營業收入的比例較高，無非是兩種情況:行業或公司的銷售習慣，如壹些裝備制造業的銷售回款期通常需要壹年左右；異常關聯銷售或虛假銷售。如果回收不力，短期應收款就有可能變成中長期應收款甚至壞賬。這也使得上市公司面臨潛在的風險。應收賬款是反映上市公司經營能力和真實盈利狀況的重要指標。按照國際會計準則，三年以上的應收賬款壞賬準備計提比例為100%。而我國會計準則對計提比例沒有強制性規定，使得我國上市公司在目前治理薄弱的情況下，很少計提100%的準備金。這使得上市公司的賬面利潤與實際納入囊中的利潤相差很大。特別是當應收賬款存在壞賬且預收不足時，賬面利潤的真實性和可靠性下降，公司隱含經營風險。事實上，這往往是投資者不夠重視的地方，投資者面臨巨大的投資風險。
最後，關聯方占用對上市公司的實際財務質量產生嚴重影響。上市公司應收賬款與其主營業務利潤之間存在顯著的相關性，這在壹定程度上反映了大股東及其他關聯方通過關聯交易尤其是主營業務交易占用上市公司資金，即經營性資金占比較大；同時也反映了近年來上市公司與其關聯公司之間的關聯交易越來越頻繁的結果，上市公司對母公司等關聯方的依賴程度有所增加。有些公司的產品主要靠銷售給母公司來證明這壹點。應收賬款不會產生現金流量，但可能成為經營活動產生的現金流量減少的重要原因。這反映出關聯挪用對上市公司業績有很大的侵占，從而影響上市公司的實際質量。