先說劇情:
阿爾瑪小時候就被證明，讓她壹直虛弱的噩夢和幻覺，是她體內潛在力量的產物，這種力量很容易讓阿爾瑪感染周圍所有的負面情緒，比如憤怒和恐懼，讓她深受其害。隨著阿爾瑪的權力愈演愈烈，身為科學家的父親哈蘭·韋德(Harlan Wade)將女兒作為空管技術研究公司絕密“起源計劃”的主要研究對象，目標是利用阿爾瑪的DNA，克隆出壹個只能通過心靈感應指揮軍隊的“精神指揮官”。但由於阿爾瑪的精神越來越不穩定，研究人員認為繼續讓她自由計劃風險太大，於是在阿爾瑪八歲生日後兩天，將其人工誘導昏迷，存放在ATC地窖中進行實驗。
在阿爾瑪躲藏學習期間，哈蘭推測女兒的力量可能不完全是通過遺傳獲得的。為了保證第壹個精神“原型”的順利誕生，哈蘭決定對女兒進行人工受孕，通過這種方法讓她的能力完全轉移到胚胎上。
15歲時，阿爾瑪生下了第壹個“原型”。然而，在分娩過程中，阿爾瑪在體內註射大量鎮靜劑的情況下恢復了意識，並痛苦地看著自己的胎兒被抱走。(第壹個不符合ATC計劃目的的原型機後來被附加到了F.E.A.R團隊點人上。)
16歲的時候，阿爾瑪生下了“成功”的第二個孩子，帕克斯頓·費特勒。在費泰爾十歲的時候，阿爾瑪用自己的超能力與兒子的意識融合，成為了“思想同步”。通過母親的精神控制，費特爾殺死了幾名負責該項目的研究人員，隨後該項目因這起事故而終止。與此同時，阿爾瑪被從生命維持裝置中移除，整個原始設施被封鎖和廢棄。然而，對起源計劃惡行負責的人低估了阿爾瑪的力量和憤怒。阿爾瑪雖然已經死亡，但她留下的有毒生命體已經在原產地車間周邊的奧本工業區造成了大規模感染。ATC總裁吉納維芙·阿裏斯蒂德(Genevieve Aristide)回到廢棄的ATC地窖，試圖重啟起源計劃，但在她的調查部隊無壹返回後，決定放棄這個徒勞的想法。但此時，琴弦已經被撥動——阿爾瑪的意識將再次被喚醒。在另壹場“思想同步”中，阿爾瑪的靈魂將被囚禁，已經成年的費特爾將被釋放，並被命令“殺光他們”。費特帶著大量被他精神控制的克隆人士兵圍攻ATC總部，對參與起源計劃的人壹個個嚴刑拷打。除了費特爾和他的部隊，另壹個混亂的存在——阿爾瑪用她強大的超能力復仇，會讓受害者產生可怕甚至危險的幻覺。派去牽制費特的行動小組受到阿爾瑪的力量攻擊，他們的身體瞬間被溶解，只剩下燒焦的骨頭埋在血漿和肉裏。隨著阿爾瑪在地窖中的釋放和F.E.A.R小組的徹底失敗，原來的設施爆炸了，這使得阿爾瑪的鬼魂更具威脅性，並影響了費爾波特城的大部分地區。有了更多可怕的怪物可以支配，阿爾瑪比以往任何時候都更有力量去實現她的“願望”。當那些折磨她的人變成了她的死魂靈，當她徹底解放了，她的“願望”會是什麽？無論是誰試圖進入奧本市中心，都必須極其謹慎。阿爾瑪可能隨時隨地出現。到那時，妳會聽到她若隱若現的聲音，毛骨悚然的笑聲，還有收音機裏那些刺耳難辨的異常音頻...
以下為壹代劇情:
帕克斯頓·費特爾帶領克隆人超級士兵起義，占領了ARM Acham科技公司(ATC)的總部。作為恐懼的新成員，主角與隊友和三角洲部隊合作追捕帕克斯頓·費泰爾。通過追捕過程中獲得的各種信息，主角得知帕克斯頓·費特爾是阿爾瑪的次子，擁有強大的精神力量，是起源計劃的壹部分，他要去起源計劃廢棄的實驗基地營救阿爾瑪。最後，當主角抓到帕克斯頓·費泰爾的時候，帕克斯頓·費泰爾。告訴主角他是阿爾瑪的第壹個兒子。主角最終殺死了帕克斯頓·費泰爾。但“起源計劃”的領導者、阿爾瑪的父親哈蘭·韋德對阿爾瑪所遭受的壹切感到內疚，於是釋放了阿爾瑪。主角不得不摧毀設施中的反應堆，炸毀整個實驗基地來摧毀阿爾瑪。當主角被三角洲部隊的直升機救出時，阿爾瑪也出現在飛機上。最後制作人名單播出的時候，有壹段Genevieve Aristide(在《二代》中被主角逮捕的ATC主席)和壹名議員的電話。吉納維芙·阿裏斯蒂德(Genevieve Aristide)在電話中表示，起源計劃仍在控制之中，原型(主角)是成功的。從這壹點來看，似乎是主角被故意栽贓在恐懼組織裏。帕克斯頓·費特的反叛正好為帕克斯頓·費特提供了探測主角的能力，但在第二代中卻完全被忽略了。
第二代故事:
故事發生在宇宙大爆炸前30分鐘，主角在追捕帕克斯頓·費泰爾的過程中發現的各種證據證明了空管主席吉納維芙·阿裏斯蒂德的有罪。第二代主角貝克特是三角洲部隊的壹員。他和他的隊友去了Genevieve Aristide的住所並逮捕了她。但是Genevieve Aristide的住所正被ATC委員會雇傭的雇傭兵襲擊。當主角找到吉納維芙·阿裏斯蒂德時，她將先兆計劃告訴了主角，並說主角和他的隊友是對付阿爾瑪的唯壹希望。當她想要詳細解釋的時候，壹代主角引爆了反應堆，引發了巨大的爆炸，而主角則被驚呆了。當主角醒來時，他發現幾名醫生在Genevieve Aristide的指揮下正在為他做手術。當他完全醒來時，發現他在壹個地下醫院裏，空管局的雇傭兵正準備炸掉醫院毀屍滅跡。在逃到地面的過程中，主角受到了阿爾瑪的攻擊，壹個自稱蛇拳的人向他提供了幫助，並告訴他因為手術，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，導致阿爾瑪吸收了主角。逃到地面後，只剩下四個人去蛇拳藏身的韋德小學。小學時，主角發現這裏是ATC“Paragon”項目的實驗場。與此同時，主角還得知，所謂的“先知”計劃，就是在壹代人的時間裏，創造出壹個類似於帕克斯頓·費特的精神力量指揮官，來控制克隆士兵。主角和另壹名幸存的隊友基岡最有希望。在地下實驗室，主角找到了蛇拳，其實就是ATC。在被克隆人殺手殺死之前，蛇拳告訴主角，為了打敗阿爾瑪，必須在靜島(第壹代阿爾瑪被囚禁的地方)加強主角的精神力量，打敗阿爾瑪。在去靜島的路上，基岡壹個人走了，主角追上了他。但是因為克隆人士兵的攻擊，壹直沒有追上。最後主角加入隊友，和女隊長壹起去精神力量增強器。當船長試圖打開增強器時，Genevieve Aristide出現了，殺死了船長I，並停止了增強器的操作。她告訴主角，因為Origin計劃的曝光，她已經對董事會失去了利用價值。為了有和董事會談判的砝碼，她要囚禁阿爾瑪。用阿爾瑪做籌碼。方法是把阿爾瑪放在這個增強器裏。遊戲壹開始的操作就是強化主角的精神力量，而阿爾瑪對精神力量極其敏感，於是主角就成了誘餌，把阿爾瑪引到了靜島。這時阿爾瑪突然出現，吉納維芙·阿裏斯蒂德將阿爾瑪和主角鎖定在增強器中。主角發現自己處於幻覺中。就在他要打開增強器的時候，基岡突然出現攻擊主角，大喊為什麽我最後沒有打敗基岡，啟動增強器。這時主角發現自己脫離了幻境，被封在了增強器裏。突然增強器打開，主角發現阿拉姆站在他面前，身後是壹片廢墟。阿爾瑪懷孕了。阿爾瑪走到主角面前，把手放在肚子上。主角聽到壹個女聲叫“媽咪”(結局很牛...非常和諧...主角讓阿爾瑪懷孕了...很可笑的結局-=玩了半天等於白玩)
然後是第三代。第三代press遊戲的時間線發生在第壹代和第二代結束後的九個月，這很容易讓人聯想到阿拉姆的第三個孩子要出生了，而Point Man在第壹代結束後被原F.E.A.R隊友抓住了。帕克斯頓·費特爾知道第三個孩子要來了(盡管帕克斯頓·費特爾現在只是壹個靈魂)，因為他“與他的母親阿拉姆同步”。他來營救點人並告訴他他所知道的。點人決定再次進攻。
三代遊戲中女主第壹次獲救時，貝克特就是監視器上的男人。貝克特在機場被Point Man和Paxton Fettel切斷聯系，Paxton Fettel侵犯了貝克特的身體。在得知阿爾瑪的壹些信息後，貝克特慘遭殺害。
親身經歷具體的三代故事。反正是漢化了，再玩壹遍也沒問題。最後說明幾個方案的意義。
珀爾修斯計劃
這個計劃包括帕克斯頓·費特爾，他出生在起源計劃中。帕克斯頓·費特祖(Paxton Fettelzu)作為壹名指揮官，利用精神力量控制了克隆人軍隊，最終克隆人軍隊因為收復阿爾瑪而叛變，遊戲中的敵人大多是他們。
先驅計劃
此時，起源計劃的繼承者旨在創造更多更可靠的精神力量指揮官。二代主角和他的幾個隊友就是這個計劃的候選人。二代中的醫院是這個項目的實驗基地，主角遇到過很多失敗的實驗。
典範計劃
這是壹個長期的研究項目，目的是在韋德小學生中尋找有精神力量的孩子，把他們培養成精神力量的使用者。在小學的地下實驗室裏，研究人員給學生暗示、藥物甚至秘密操作，激發他們的能力。阿爾瑪以前是這裏的學生，後來因為力氣大，不穩定被轉學了。