為了建立完善的內部控制制度並使其真正發揮應有的作用，必須提高企業管理者的素質。首先要形成管理者的競爭市場，充分發揮市場優勝劣汰的競爭機制，吸引真正有管理能力的人才。建立健全經營者資格認定制度和選拔制度，使經營者資格認定、任用和考核更加規範、民主、合法。其次，加強對經營者的制衡，通過所有者約束機制、市場約束和國家法律約束來完善對公司管理者的約束機制。再次，完善經營者激勵機制，調動其積極性。可以借鑒國外經驗，實行適當的經營者股份制，實行長期激勵。比如股票期權制度，即通過允許經營者擁有壹定數量的公司股票期權，將經營者的利益與公司的長遠利益聯系起來，實現經營者與所有者共擔風險、共享收益的激勵制度。
(2)完善公司治理結構。
現代企業制度的核心是建立和完善公司治理結構，而完善的公司治理結構的基礎是優化股權結構。改變“壹股獨大”，可以逐步建立國有資本退出機制，降低公司股權集中度，平等對待所有股東，在股東之間形成相應的約束。針對嚴重的“內部人控制”現象，首先要強化董事會在公司治理結構中的主導地位，突出董事會在建立和完善內部控制制度過程中的核心作用；其次，實行獨立董事制度，將董事會內部組織適當外化，對內部人形成壹定的監督和制約，最大限度地維護全體股東的權益。作為壹項完善的監事會制度，應確保監事會獨立有效地行使對董事會的監督權。同時應賦予監事會更大的監督權，既能改善公司治理的三角制衡，又能促使董事和經理人員遵循和執行內部控制。
(3)建立健全的組織結構和權責分配制度。
企業組織結構的功能是為計劃、執行、控制和監督活動提供壹個框架。組織結構不應簡單到妨礙管理層有效監督企業的活動，也不應復雜到妨礙企業的正常運作和必要信息的流通。企業在設置組織架構時，應根據相互牽制、相互協調的原則，結合企業規模和業務特點的具體情況，設置職能部門，進行業務分工，使各項業務的整個處理過程或過程中的重要環節不是由壹個部門單獨處理，而是在兩個或兩個以上部門相互協調、相互制約的基礎上完成。對於各部門來說，要避免權力重疊和權力真空，讓每個業務流程的各個環節都由相應的機構來處理。在具體形式上，直線職能型組織是大多數企業更好的選擇。
(4)制定適當的人力資源政策。
科學的制度是人制定的，再好的制度也要有人執行。只有強調人的全面發展和綜合素質的提高，才能最大限度地減少企業內部控制中人事制度缺陷所帶來的失誤。現代企業應堅持以人為本的理念，制定科學合理的人力資源體系(www.chinatpm.net):壹是嚴把用人關，全面考核重要崗位人員配置和管理人員選拔的綜合素質，確保每個崗位人員的素質要求；二是要多層次、多方位加強崗位和在職人員的培訓，切實提高從業人員的政治和業務素質，使其遵紀守法、精通業務；三是要加強職業道德教育，教育員工自覺遵守和執行內部控制制度，培養員工愛崗敬業精神，形成以自我控制為主要手段的內部控制和制約機制；第四，要對壹些崗位實行定期或不定期的輪崗制度，互相牽制，互相監督。
(5)創建優秀的企業文化。
經濟活動往往是經濟與文化融合的運作，經濟發展比以往任何時候都更需要文化的支持。在社會主義市場經濟實踐中，企業形象直接反映了社會文明程度，而那種假冒偽劣的短期行為不僅擾亂了正常的社會秩序，還可能從根本上葬送企業的發展前景。因此，企業文化應以企業精神和企業價值觀為核心和基石，強調塑造員工普遍認同的價值觀，在企業內部營造和諧積極的文化氛圍，以發揮集團的文化優勢，增強企業的凝聚力。面對國內外新的環境變化，在當前我國企業文化建設中，應優先樹立以人為本的理念、樹立市場理念、樹立顧客至上的理念、樹立以人為本的整體理念、樹立社會責任感等。這些方面做好了，企業才能長久持續發展。
(6)加強內部審計。
現代內部審計活動實際上是管理的延伸，內部審計人員所從事的工作是企業管理當局想做而做不到的事情。他們的任務不再局限於檢查和發現可能的會計差錯，而是通過獨立的檢查和評價活動，對內部控制的缺陷和管理漏洞提出切實可行的建設性建議和措施，以促進管理當局進壹步改善管理，增強企業的綜合實力。在我國目前的公司治理結構下，由於建立內部控制的責任在董事會，董事會必然關註內部控制的執行情況，應該有信息的反饋和傳遞。內部審計是董事會和管理層之間溝通的最佳橋梁。因此，在董事會中設立內部審計機構，提高內部審計的獨立性，即股東大會通過監事會對董事會實施內部控制，董事會通過內部審計對總經理和其他經理層實施內部控制，形成壹個相互聯系、相互制約的嚴格的內部控制體系。
簡而言之，良好的內部控制依賴於壹個積極的和匹配的控制環境的支持。優化企業內部控制環境是提高管理水平的基礎性工作，也是不可回避的現實需要。隨著我國市場經濟的發展和經濟全球化的形成，現代企業只有建立良好的內部控制環境，才能提高管理效率，才能在未來激烈的競爭中生存和發展。