金融機構可以通過兼並擴張和混業經營，增強資本實力，加強貨幣市場、資本市場和保險市場的合作、溝通和融合，促進經濟效益和社會效益的提高。然而，由於復雜的組織結構和關系網絡以及創新的金融業務，金融控股公司不僅會面臨各類金融業務的壹般風險，還會面臨“控股公司控股”的組織結構帶來的“特殊風險”。
(1)系統風險。
風險傳遞可能會放大風險。因為客戶壹般把金融控股公司作為壹個整體來對待，如果壹個部門出了問題，風險就會轉嫁到其他部門，損害整個控股公司的形象、聲譽和信用能力，最終可能降低控股公司的整體償付能力和穩定性。
資本重復計算大大降低了抗風險能力。金融控股公司為了實現資金利用效率的最大化，可能會在母公司和子公司之間多次使用同壹筆資金，但實際上，控股公司的“凈”償付能力或“合並”償付能力遠低於其成員的“名義”償付能力之和。重復計算資本意味著有限的資本要承擔自身多倍的風險，這是壹個巨大的隱患。
復雜的內部結構和大量的關聯交易使得無法準確判斷風險。金融控股公司最大的問題是內部關聯交易，有的高達數億甚至數十億。關聯交易可能導致風險傳遞，使經營中的困難更加復雜。金融控股公司內部結構和關聯交易的復雜性，使得投資者、債權人乃至公司高層管理人員難以了解公司成員之間的授權關系和管理職責，從而無法準確判斷和衡量公司的整體風險。
(二)結構不透明的風險。
規避監管帶來的風險。在利益的驅動下，只要不同的金融專業監管制度存在差異，金融控股公司就可能采取規避監管的行為，建立阻力最小的組織模式，比如讓不受監管或監管程度低的金融機構成為控股公司的控股主體。這兩種行為都會增加監管部門對相關金融機構監管的難度，從而使風險隱藏或直接導致風險。
內部貸款風險。對各級子公司的貸款是母公司有效控制子公司，實施控股公司發展戰略的重要方式。但由於金融控股公司結構復雜，貸款人很難掌握貸款用途，負責監管這些子公司的部門也很難準確判斷資金來源。
結構不透明的風險。金融控股公司規模越大，參與的企業越多，關系越復雜，監管機構就越難以正確判斷金融機構的風險。這種不透明的組織結構首先會使控股公司內部各部門之間的協調和溝通更加困難，無法在危機開始時提前預警，最終導致災難性的後果。
(3)控股公司內部利益沖突導致的風險。
商業目標存在沖突。金融控股公司內某些子公司的利益本質上是沖突的。例如，投資者在銀行儲蓄的主要目的是尋求金融資產的安全性，但如果控股公司為了追求高利潤而將銀行資金用於證券交易，就會違背投資者對安全性的渴望。同樣，控股公司裏的基金經理專門買控股公司關聯企業的股票，不考慮其盈利性和安全性。
公司成員的決策自主權受到限制。由於安全等因素，金融控股公司可能會從子公司的管理層手中奪取部分權力，這可能會對其經營和決策造成諸多限制，從而帶來風險。加強對金融控股公司的監管
面對全球金融競爭的嚴峻挑戰和金融控股公司的興起趨勢，我們應盡快著手建立完善的監管體系和風險監管機制。
(壹)完善金融控股公司監管機制。
樹立以功能監管為主的監管理念。金融控股公司打破了分業經營的界限，不同監管部門之間難以準確實施監管，應樹立功能監管理念。功能性金融監管的概念最早是由哈佛商學院的羅伯特·默頓提出的。是指根據金融體系的基本功能設計的監管。金融機構的不同業務由專業的管理專家和相應的管理程序進行監管。可以跨產品、跨機構、跨市場協同，更具有連續性和壹致性。中國的金融體制改革方案已經考慮到了這壹趨勢，成立了銀監會，與證監會、保監會分別監管銀行、證券公司、保險公司。
建立不同監管機構之間的協調機制。從事綜合金融業務的金融控股公司需要加強各監管機構之間的協調與合作。目前我國實行分業經營，不同監管機構之間合作困難，相互之間的信息交流也可能受阻。因此，需要在跨行業監管部門之間建立有效的信息共享機制。建議建立監管聯席會議制度，由“三會”代表組成溝通平臺，避免監管規章制度沖突，協調各自對金融控股公司的監管措施。同時，要積極發展信息共享網絡，開發相應的信息系統，更好地為監管服務，節約監管成本，提高監管效率。
將信用評級納入監管體系。在現行分業監管體制下，無法對金融控股公司的經營狀況和風險程度進行整體監控和系統評估。建議借鑒美國的“駱駝評級體系”，盡快正式制定標準化的國家信用評級指標體系，從整體上對金融控股公司的經營狀況和風險程度進行監控和評估。
(2)完善金融控股公司內部治理結構。
制定資本充足標準。金融控股公司的子公司從事大量的證券經紀、保險等非銀行金融活動。，而這些活動對資本比率的要求應該高於銀行活動。因此，應該針對不同類型的金融控股公司制定不同的資本標準，有效揭示金融集團承擔的主要風險，或者發現金融集團內部結構的潛在缺陷。
完善公司治理結構。我國《商業銀行法》規定，商業銀行不得向中華人民共和國境內的非銀行機構和企業投資，但並不禁止以控股公司的形式進行金融與工商的結合。於是，出現了光大集團(金融控股工商)等前向相關的所有制結構和魯能控股沈偉證券、蔡襄證券、英達信托(工商控股金融)等後向相關的所有制結構。中國金融控股公司的結構是否應該是英美式的“保持距離”，日德式的“緊密結合”，是“價格銀行”還是“關系銀行”，產業資本向金融領域滲透需要哪些規定和條件，必須盡快明確。此外，還應重點關註金融控股公司及其子公司內部自律機制的建設和實施，因為金融機構的內部控制是金融監管的基石，只有金融機構形成嚴格的內部控制，外部監管才能發揮作用。
控制過度的風險集中。我國應明確規定，多元化金融控股公司必須向監管部門報告控股公司確認、監測和管理風險集中度的制度和政策，每個受監管子公司必須滿足專業監管機構設定的風險集中度限制；當控股公司對交易對手或附屬機構的信用風險暴露超過控股公司資本的15%時，必須向監管部門報告並說明情況。
增加控股公司組織的透明度。透明度是多元化金融控股公司的核心風險問題。監管透明要統壹標準，主要包括兩個方面:壹方面要逐步統壹對金融控股公司和其他金融機構的監管標準，保證公平競爭；另壹方面，要逐步統壹對金融控股公司中銀行、證券、保險機構的監管標準，實現統壹、全面的監管，防止出現漏洞。二是要遵循並表監管、綜合評價的原則。對金融控股公司的監管應該分分合合。在分別監管控股公司及其子公司的同時，負責監管母公司的監管部門應當對控股公司實施並表監管，並在此基礎上對其風險和管理進行綜合評估。這樣可以規避金融控股公司的資本充足率、資產負債規模、利潤水平和凈資產值，更真實地反映控股公司的整體經營風險和發展能力，更有利於防控風險。
防止關聯交易。防範關聯交易是金融控股公司監管的重點，因此必須制定嚴格的法律法規。應要求母公司定期披露公司治理結構和控股結構的變化，定期向監管部門報告所有關聯交易，並跟蹤和監控以前的合法交易。應要求母公司在子公司之間設置“防火墻”，嚴格限制不良關聯交易，超過壹定金額的關聯交易必須接受監管部門的專項審查。還應規定母公司對公開信息的準確性負全部責任，必要時由監管機構進行核實，這比直接進入子公司獲取信息要容易和有效得多。
建立控股公司援助機制。金融控股公司應該成為其附屬銀行的“力量源泉”，隨時準備在支付危機時提供額外資本。這可以保護銀行，並有助於提高金融穩定性。